Во времена Нового времени термин «атеист» использовался как оскорбление и применялся в значении «еретик», а также при обращении к самоубийцам или людям считавшимся аморальными.[6][7][12]. Атеистические убеждения были восприняты как угрожающие порядку и обществу, например, так считал Фома Аквинский. Джон Локк, один из основателей современных представлений о свободе вероисповедания, утверждал, что атеисты (как и католики и мусульмане) не могут быть полноценными гражданами.[10] Во времена инквизиции несколько лиц, обвиняемых в атеизме и богохульстве, были подвергнуты пыткам и/или казнены. В их числе священник Джулио Чезаре Ванини, который был задушен и сожжен в 1619 году, и брестский дворянин Казимир Лыщинский, который был казнён в Варшаве[6][13][14], а также француз Этьен Доле, который был казнён в 1546 году. Хотя атеисты в течение девятнадцатого века описываются[кем?] как мученики, некоторые[какие?] ученые считают, что убеждения, поддерживаемые Доле и Ванини нельзя назвать строго атеистическими в современном мире.[8][15][16]