Слово Пчелы оказывается существительным женского рода с окончанием -Ы, слово Пчелка также относится к первому склонению и имеет окончание -А.
Ударение в этих словах падает на гласную Ё: пчЁлка/пчЁлы.
Корнем слова оказывается морфема ПЧЕЛ-: Пчелиный-Пчеловодство-Пчелоед.
Обратим внимание, что в этом корне имеется ударная гласная Ё, которая идет после шипящей и слышится как О, а само слово можно ошибочно написать как пчОлка/пчОлы.
Проверить ударную гласную Ё в этом слове можно если доказать чередование в корне слов Ё/Е. Сделать это легко если сопоставить существительное пчЁлы и существительное пчЕла или прилагательное пчЕлиный.