Брать что-то (кого-то) на карандаш это означает обратить на это особое внимание, чтобы впоследствии следить,уделять этому пристальное внимание . синонимом будет "взять на заметку"
Этот термин появился в российской жандармерии в далёком начале 19 в, когда в списке около неблагонадежных ставили отметки карандашом, чтобы их потом , в случае ненадобности, можно было стереть.