Только правильно будет "Where is your sister?", т.к. your sister - это she, а с he,she,it употребляется is.
И да, to be может переводиться как "находиться", то есть, например:
My sister is at home. -- Моя сестра дома.
В английском, чтобы составить вопрос, нужно поменять порядок слов, т.е. ставить форму to be (am, is, are) на первое место перед подлежащим (или, в нашем случае, после специального слова).