Таких причин много, это:
- наследственный материал особи с накопленными мутациями генов,
- закодированное в ДНК чередование аминокислот для биосинтеза белка,
- особенности мейоза при гаметогенезе: кроссинговер, независимое расхождение хроматид и хромосом,
- случайное сочетание гамет при оплодотворении,
- комбинативная изменчивость,
- мутационная изменчивость,
- внешняя среда также влияет на фенотип и генотип (в определённых пределах) . Адаптируясь к её условиям, особи одного вида могут сильно различаться в фенотипах,
- разные экологические ниши, занятые особями одного вида в экосистеме.