На территории Кыргызстана учтены 750 озёр, водохранилищ и мелких прудов с общей площадью 6836 км2, т.е. занимают 3,4% территории республики. Из них 16 озёр и 11 водохранилищ имеют каждое более 1 км2 площади. Многие озёра мелкие, с площадью зеркала 0,02—0,2 км2. Преимущественно, озёра расположены в высокогорной зоне, у конца ледников, в пределах высот 3000—4000 м.

Самое крупное озеро Кыргызстана —Ысык-Куль. Это одно из крупнейших горных озёр мира. Расположено в тектонической впадине между хребтами Тескей Ала-Тоо и Кюнгёй Ала-Тоо. Абсолютная высота уреза воды 1607 м, площадь зеркала воды — 6236 км2, макс, глубина —668 м, средняя — 278,4 м, длина озера —178 км, макс, ширина — 60 км, средняя ширина — 35 км, объём воды — 1738 км3, длина береговой линии — 688 км. С середины 19 до конца 20 века ( 1856 — 2000) уровень воды в озере упал на 8,5 м. В конце 80-х годов 20 в. наблюдалась некоторая стабилизация к его повышению (от 3 c м до 13 c м). Ысык-Куль — незамерзающее озеро и по термическому режиму относится к субтропическому типу, хотя находится в умеренной зоне и на значительной высоте над уровнем моря. Годовое колебание температуры в пределах положительных значений (от 20 до 4°С). Минерализация воды 5,97‰ или граммов в литре. В настоящее время около 30 рек доносят свои воды до озера круглый год. В водном балансе значительна доля атмосферных осадков. Незначительное кол-во воды приносится подземным путем. В расход ной части водного баланса исключительная роль принадлежит испарению. Часть речного стока используется на орошение, но возвратные воды тем или иным путем все же поступают в чашу озера. В Ысык-Куле в настоящее время обитает 22 вида рыб, из которых 10 завезены из др. водоёмов, а 12 — аборигены. Завезённые и акклиматизированные виды, развиваясь в озере, оказали отрицательное влияние на местные виды. Ысык-Куль — один из крупнейших водоемов Евразии, где зимует множество видов (и в большом кол-ве) водоплавающих птиц. В летнее время озеро исключительно благоприятно для отдыха.
Озеро Иссык-Куль
Второе по величине площади зеркала воды озеро — Сон-Куль, находится в межгорной впадине между хребтами Молдо-Тоо, Сонкёл-Тоо и Боор-Алба. Высота уреза воды — 3016 м над уровнем моря. Площадь зеркала — 270 км2, наи большая глубина 22 м (больше официально при нятой 15,1 м), средняя глубина — 9,2 м, длина озера — 29 км, наибольшая ширина — 18 км, средняя ширина — 9,6 км, объём воды 2,64 км3, длина береговой линии 96 км. Вода в Сонкёле пресная, озеро сточное — вытекает р.Кажырты. В бассейне озера Сонкёл формируются 18 речек и ручейков, которые впадают в озеро. Минерали зация воды 0,3—0,4 г/л. Уровень стабильный. Замерзает в конце октября — начале ноября, с конца апреля вскрывается. Амплитуда колебаний температуры от 0°С до 12°С. По термическому режиму Сонкёл относится к озерам умеренной зоны. В тёплое время года сюда прилетают водоплавающие перелётные птицы (66 видов). Примечательно что Сонкёл — место гнездований индийского гуся. По своей природе Сон-Кёль — безрыбное озеро. Но за последние 30— 35 лет акклиматизированы такие виды рыб, как пелядь, сиг и абориген озера Ысык-Кёль голый осман (кёк-чаар).
Озеро Сон-Куль
Третье по величине площади зеркала воды озеро Чатыр-Куль, расположено между хребтами Ат-Башы и Торугарт-Тоо, на западе Ак-Сайской долины. Высота уреза воды 3520 м над уровнем моря. Площадь озера — 161,1 км2, наи большая глубина — 19 м, преобладающие глубины — 2—3 м. Длина озера 22,8 км, наибольшая ширина 10,5 км, средняя ширина 7,4 м, объём воды 0,85 км3, длина береговой линии — 58,5 км. Водосборная площадь 1050 км2. В озеро впадает значительный водоток Кёк-Айгыр и еще 23 мелких речек и ручейков. Это бессточное озеро, но минерализация воды близка к пресной (2 г/ л). В последние 100 с лишним лет уровень озе ра понизился почти на 4 м. С октября по апрель сковано льдом, в суровые зимы толщина которого достигает 1,5 м. Ихтиофауна состоит из мелких водных организмов, рыб нет. В летнее время прилетают водоплавающие птицы.