После Ивана Самойловича в 1687 г. гетманская булава на Левобережье досталась генеральному есаулу Ивану Мазепе (1687 – 1708 гг.).
Свое правление он начал как политик четкой промосковской ориентации. Подписанные Мазепой «Коломацкие статьи», которые регламентировали российско-украинские отношения значительно ограничивали украинскую автономию и расширяли российское присутствие на Украине.
Мазепа происходил из украинской православной старшины Белоцерковского уезда. Учился в Киево-Могилянском коллегиуме, продолжал образование в Западной Европе. В молодости служил при дворе Яна II Казимира. Позднее Мазепа покинул королевский двор и вернулся в Украину. Стал советником у Правобережного гетмана П. Дорошенко. Служил в Переяславском полку, где отличился мужеством и военным талантом, за что был избран генеральным есаулом.
Уже в начале гетманства судьба уготовила Мазепе серьезные испытания. В 1689 г. новым российским царем становится Петр I. Бывшие патроны Мазепы устраняются от власти, кажется, что неминуем крах карьеры Мазепы. Однако природный ум, дипломатический талант, знание людей спасают его. Добившись аудиенции у царя щедрыми дарами (только сабля, подаренная Петру I, стоила 2 тысячи карбованцев), демонстрацией покорности он завоевывает расположение царя.
Гетманская булава, поддержка царя открыли пути к быстрому обогащению. Мазепа становится одним из самых богатых феодалов Европы.
После Б. Хмельницкого Мазепа впервые поставил личность гетмана на уровень государственного властелина, монарха.
Свою власть он решительно защищал от любых посягательств со стороны запорожцев, борющихся за автономию.
Мазепа был меценатом искусств и науки, организовал и финансировал всей гетманщине строительство церквей, покровительствовал Киевской академии.
Во внутренней политике Мазепа опирался на старшину, целым рядом законов выделил казачество в отдельный класс, содействовал укреплению старшины, стремясь создать национальную аристократию из старшины Украины, чтобы опереться на нее в борьбе за полную автономию Украины.
Главной мечтой Мазепы было объединить Правобережье и Левобережье Украины и создать государство по образцу Речи Посполитой. Поддерживая знать, гетман притеснял крестьянство. Народ называл Мазепу отчимом Украины.
Мазепа поддерживал широкомасштабные проекты царя. Только за 12 первых лет своего гетманства он совершил 11 летних и 12 зимних походов. Все материальные проблемы легли на плечи украинского народа. Казачество и крестьяне не поддерживали гетмана.
Между тем приближалось время решительных действий. В 1700 г. началась Северная война. Втянутая в войну, Украина попала в трагическую ситуацию. При любом раскладе Украина была обречена на потерю автономии. Ситуация требовала радикальных действий. В 1705 г. Мазепа начинает тайные переговоры с союзником шведского короля и польским королем С. Лещинским.
Весной 1709 г. И.Мазепа подписывает договор со Швецией, который предусматривал восстановление независимости Украины. В этом же году Мазепа выступает как союзник шведов в решающей Полтавской битве и терпит поражение. Мазепа был объявлен предателем и вместо него гетманом провозгласили Ивана Скоропадского.
В 1709 г. в селе Варница недалеко от Бендер Иван Мазепа умирает. Казацкая Рада в 1709 г. избирает гетманом в эмиграции П. Орлика. Попытка Мазепы сберечь благодаря союзу со Швецией казацкую автономию закончилась поражением.