Частина перша З рибальського судна закидають сіті з приманкою, і Зграя чайок злітається, «щоб хитрістю або силою добути крихти їжі». Тільки одна чайка на ім’я Джонатан Лівінгстон здійснює свої тренувальні польоти в повній самоті. Джонатан порушує всі неписані закони Зграї — зависає в повітрі, літає низько над водою і розвиває величезну швидкість. Він намагається довести своє вміння літати до досконалості. Джонатан нехтує основним заняттям чайок — здобиччю їжі. Його батьки тривожаться, адже від їхнього сина «залишилися пір’я та кістки». Послухавшись умовлянь, Джонатан тиждень живе, як інші чайки, але потім усвідомлює безглуздість такого існування і повертається до тренувань. Весь наступний тиждень він вчиться керувати польотом на високій швидкості, проте у нього нічого не виходить. Одного разу, стрімко спускаючись з величезної висоти, Джонатан сильно вдаряється об воду і втрачає свідомість. Прийшовши до тями, він чує голос, що говорить, що Джонатан — всього лише чайка, що не народжена для швидкісних польотів. Він вирішує змиритися і повернутися в Стаю, але по дорозі додому знаходить рішення: швидкістю можна управляти, зменшивши довжину крил. Забувши про невдачу, він тренується і досягає успіху. Вранці Джонатан випадково врізається в Стаю, яка саме снідала, але справляється з управлінням. Вдень йому вдається зробити кілька фігур вищого пілотажу. Увечері збирається ще одна порада Зграї. Найстаріший наказує Джонатану вийти на середину утвореного чайками кола. Це «або найбільша ганьба, або найбільша честь». Той очікує похвал, адже йому вдалося те, чого до нього не робила жодна чайка. Однак Найстаріший примовляє Джонатана до вигнання на Дальні Скелі за нехтування гідності і звичаї Сім’ї Чайок. Залишок своїх днів чайка проводить на самоті. Кожен день він дізнається щось нове і вчиться застосовувати свою майстерність, здобуваючи їжу. Він не сумує за Зграєю і проживає «довге щасливе життя». Частина друга Джонатан старіє. Одного разу біля його крил з’являються дві сяючі, білосніжні