Река Сан-Франсиску течёт в северо-западной части материка Южная Америка. Сан-Франсиску берёт начало в горном массиве Серра-да-Канастра в средней, наиболее возвышенной часть Бразильского плоскогорья.Река впадает в Атлантический океан. Река Сан-Франсиску течёт в направлении с запада на восток. В верховьях река Сан-Франсиску имеет бурный, порожистый, типично горный характер,потому что берёт начало В горном массиве Серра-да-Канастра. Питание реки Сан-Франсиску дождевое и ледниковое. Для реки характерны резкие колебания расхода, так как большая часть её бассейна располагается в засушливой области с бурными летними ливнями из-за чего в паводковый период уровень воды повышается на 6—7 м. В зимнее время наступает засуха и зимняя межень.