Простейшие относятся к Царству Животных, а бактерии выделены в собственное Царство Бактерии.
Бактерии меньше простейших по размеру, их нельзя рассмотреть под обычным микроскопом. Простейшие в несколько раз больше по отношению к бактериям.
Бактерии не имеют ядра. Простейшие первые на Земле, у кого в клетке образовалось ядро.
По способу питания бактерии являются автотрофами. Они самостоятельно вырабатывают необходимые им питательные вещества. Простейшие по типу питания бывают гетеротрофы и миксотрофы.