Сюжет поэмы был взят Лермонтовым из кавказской жизни. Имеются свидетельства А. П. Шан-Гирея и А. А. Хастатова о возникновении замысла поэмы, изложенные в рассказе первого биографа поэта П. А. Висковатова. Согласно этому рассказу, Лермонтов сам слышал историю, которую потом положил в основу поэмы. Во время своей первой ссылки на Кавказ в 1837 году, странствуя по старой Военно-Грузинской дороге, он «наткнулся в Мцхете… на одинокого монаха… Лермонтов… узнал от него, что родом он горец, плененный ребёнком генералом Ермоловым… Генерал его вез с собою и оставил заболевшего мальчика монастырской братии. Тут он и вырос; долго не мог свыкнуться с монастырем, тосковал и делал попытки к бегству в горы. Последствием одной такой попытки была долгая болезнь, приведшая его на край могилы…»[1][2]. Этот интересный рассказ впечатлил Михаила Юрьевича и, вероятно, послужил толчком к созданию «Мцыри».
В наши дни уже невозможно установить насколько достоверны сведения, сообщенные Висковатым. Однако история, описанная в поэме, вполне могла произойти в реальности. Захват русскими детей горцев в плен во время Кавказской войны был вполне обычным явлением. Кроме того Лермонтову мог быть известен ещё один такой пример: непростая судьба российского художника П. З. Захарова, чеченца по национальности, также совсем маленьким мальчиком попавшем в плен к русским и всё тем же генералом А. П. Ермоловом отвезённого в Тифлис.[1]
Значительное влияние на поэму оказал и грузинский фольклор. Кавказский материал в поэме насыщен фольклорными мотивами. Так, центральный эпизод «Мцыри» — битва героя с барсом — основан на мотивах грузинской народной поэзии, в частности хевсурской песни о тигре и юноше, тема которой нашла отражение и в поэме Шота Руставели «Витязь в тигровой шкуре»[3].
В начале поэма носила название «Бэри» с примечанием: «Бэри, по-грузински монах». Эпиграф к произведению тоже был другим. Изначально он гласил: «On n’a qu’une seule patrie» («У каждого есть только одно отечество»), но позже был изменён Лермонтовым на строки из 14 главы 1-й Книги царств: «Вкушая вкусих мало меда, и се аз умираю». Это библейское изречение несёт в себе символическое значение нарушения . Заглавие тоже было заменено поэтом, и в сборник «Стихотворения М. Лермонтова» поэма вошла под названием «Мцыри», которое лучше отражало суть произведения. В грузинском языке слово «мцыри» (груз. მწირი) имеет двойное значение: в первом — «послушник», «неслужащий монах», а во втором — «пришелец», «чужеземец», прибывший добровольно или привезённый насильственно из чужих краев, одинокий человек, не имеющий родственников, близких.[2]
Кроме эпиграфа и заглавия Лермонтов переработал и содержание произведения. В частности, поэтом были исключены из первоначальной редакции несколько фрагментов. Некоторые из стихов писатель судя по всему вынуждено вычеркнул по цензурным соображениям. Так, например, были убраны строки, в которых Мцыри упрекает Бога за то, что тот ему «Дал вместо родины тюрьму». В числе прочего Лермонтов исключил из произведения строки, содержавшие описание горцев — соотечественников Мцыри, в том числе и его отца, которые явились герою в бреду в виде грозных всадников, сражающихся за свою свободу[2].
Окончательно поэма была доделана автором, согласно пометке на обложке тетради Лермонтова: «1839 года Августа 5». Через год она была напечатана и стала одной из двух поэм (другой была Песня про царя Ивана Васильевича, молодого опричника и удалого купца Калашникова), вошедших в прижизненный сборник стихотворений.