В період феодальної роздробленості Русіцерква часто страждала від князівських міжусобиць. Так, у 1169 році Десятинну церкву пограбували війська Андрія Боголюбського, а в 1203 року — Рюрика Ростиславича. 6 грудня 1240 року орди хана Батия, захопивши Київ, зруйнували Десятинну церкву — останній оплот киян. коли місто було цілком захоплене монголами, в храмі заховалися останні оборонці міста, які разом з церковнослужителями чинили запеклий опір чужинцям. Від ударів потужних стінобитних машин стіни церкви обвалилися, поховавши під собою киян.