Начало высшей школы в Вильнюсе было связано с распространением идей Реформации, для борьбы с которыми виленским епископомВалерианом Протасевичем в 1570 году были приглашены иезуиты. Обосновавшись в нескольких зданиях близ костёла Святых Иоаннов, иезуиты открыли 17 июля 157огода коллегию — школу, в которой, помимо церковных предметов, велось обучение древнегреческому языку и латын, математик, истори, географи, реторики, поэзи. Учащимися были преимущественно шляхтич, однако принимались в коллегию и выходцы из непривилегированных сословий.
7 июля 1578 года во Львове король Стефан Баторий, по ходатайству епископа Валериана Протасевича, маршалка Яна Ходкевича и других магнатов покровителей иезуитов, подписал привилегию, по которой коллегия преобразовывалась в академию, с правом производить бакалавров, магистров,лиценциатов и докторов свободных наук, философии и богословия.