Скелет костистых рыб состоит из костей хондральных, или покровных, или вторичных (образовавшихся в коже). В отличие от хрящевых ганоидов скелет целиком костный, жаберная крышка состоит из четырех костей; рострум отсутствует.
Осевой скелет представлен не хрящевой полой трубкой с хордой внутри, а амфицельными позвонками с верхними и нижними дугами.