Абеляр утверждал на своих лекциях и в книгах, что разобраться в вопросах веры можно только при помощи разума. «Нельзя уверовать в то, чего ты предварительно не понял, и смешны проповеди о том, чего ни проповедник, ни его слушатели не могут постигнуть разумом». Нужно понимать, чтобы верить. Нужно верить, а не рассуждать, — полагал Бернар. — Вера должна быть простой и искренней, идти от сердца, а не от рассудка. Божественные тайны выше человеческого ума, к ним нельзя прикасаться. Мудрствования мешают силе и чистоте веры, ведут к гордыне и заблуждениям. Только в любви к Иисусу, в глубоком переживании веры человек мистически соединяется с Богом.
Спор Абеляра и Бернара стал спором двух направлений средневековой мысли: рационализма — опоры на разум (от лат. «рацио») и мистики — опоры на сверхъестественные силы.
Враги Абеляра добились того, что его учение было осуждено на церковном соборе в 1121 году. Абеляра заставили собственноручно бросить свою книгу в костер. Философ бедствовал, скитался по монастырям, но ученики по-прежнему шли к нему, и он продолжал преподавать.
Бернар рассылал по всей Европе письма с призывами пресечь деятельность «еретика». В 1140 году Бернару удается собрать новый церковный собор. Абеляр приехал на него в надежде отстоять свои взгляды на открытом диспуте. Но Бернар и его сторонники не хотели открытого диспута. В ночь до собора было принято решение: сжечь все книги Абеляра, а его самого заставить молчать. Абеляр обратился к суду папы, но папа подтвердил решение собора.
Больной и сломленный философ удалился в монастырь. В 1142 году он умер.