Для режима Миссисипи характерны весенне-летнее половодье и бурные дождевые поводки.Средний годовой расход воды реки равен 19 тыс. м/3 сек., во время катастрофических паводков расход доходит до 50-80 тыс. м/3 сек.,в период межени (летом) уменьшается до 3-5 тыс. м/3 сек.