Серьезные попытки модернизации были предприняты Хрущевым в сфере исполнительной власти. Высшим органом исполнительной власти в СССР по-прежнему был Совет Министров. В 1956 г. его председателем стал Н. А. Булганин, в 1958 г. - Н. С. Хрущев . Весной 1957 г. по инициативе Н. С. Хрущева стала проводиться реформа органов управления, суть которой заключалась в переходе управления промышленностью и строительством от отраслевого (через министерства и ведомства) к территориальному принципу. В каждом экономическом административном районе был образован Совет народного хозяйства (Совнархоз) , подчинявшийся непосредственно Совету Министров союзной республики. Тем самым резко ограничивались возможности вмешательства местного партийного аппарата в хозяйственную деятельность. Ограничивался объем его реальных властных полномочий. Было создано 105 совнархозов взамен упраздненным (141) министерствам. При этом Госплан СССР отвечал за проведение единой централизованной политики, разработкой текущих и перспективных планов и контролем за соблюдением государственной дисциплины поставок продукции. Для обеспечения научно-технического руководства отраслями промышленности в 1957-1958 гг. при Совете Министров СССР был создан ряд государственных комитетов (по авиационной технике, судостроению, химии и др.) . Реформа управления 1957 г. не вносила качественных изменений в экономические условия хозяйствования, планирования и управления. Она сводилась к формальной, организационно-структурной перестройке аппарата государственного управления. Но все же реорганизация системы управления дала определенный импульс развитию экономики: в результате снятия ведомственных барьеров, обеспечения большей оперативности управления возросли темпы роста национального дохода, усилилась специализация и кооперирование в масштабах административно-экономических районов, ускорился процесс технической реконструкции производства. Была достигнута значительная экономия за счет удешевления управленческого аппарата. Однако вскоре реформа стала давать сбои. Многие совнархозы неоднократно укрупнялись, а в центре создавались многочисленные отраслевые комитеты. В июне 1960 г. были образованы республиканские СНХ, в июне 1963 г. - Совет народного хозяйства СССР. Усложнялась и система общегосударственного планирования народного хозяйства: в феврале 1959 г. был организован Государственный научно-экономический совет Совета Министров СССР; с декабря 1963 г. получил развитие механизм территориального планирования через плановые комиссии крупных экономических районов СССР. В конечном счете, все же вернулись к отраслевому принципу управления на каждой из территорий. После снятия Хрущева со всех государственных и партийных постов в 1964 г. реформа стала еще более активно сворачиваться, и к началу 70-х гг. была полностью восстановлена прежняя структура исполнительной власти.
Демократизации государственной власти способствовали изменения в составе советских органов. К работе в них стали привлекаться не только представители партийно-государственной бюрократии, но и в большей степени рабочие, колхозники и интеллигенция, не связанные ранее с аппаратом. Это, с одной стороны, обновило состав органов власти, а с другой - несколько осложнило положение противников курса Хрущева . Сторонники десталинизации, чувствуя сопротивление консерваторов, постоянно апеллировали к широким общественным слоям, ища у них поддержку и стремясь с их помощью усилить свой авторитет. В 1957 г. ЦК КПСС предложил обсуждать выдвигаемых кандидатов на собраниях рабочих и колхозников. Естественно, это не означало свободы выборов для избирателей, однако несколько ограничивало влияние партийно-государственного аппарата при выдвижении кандидатов. Одновременно стимулировалось усиление элементов самоуправления, предполагалось, что на низовом уровне со временем они заменят все администивно-бюрократические институты.