В книге Жюля Верна нет знаменитой фразы «Я не Негоро! Меня зовут капитан Себастьян Перейра, торговец чёрным деревом!», и вообще нет имени Себастьяна Перейра. [1]
В книге Негоро, чтобы сбить «Пилигрим» с курса, подкладывает под компас железный брус, в фильме - топор.
В фильме есть эпизод, когда Дику Сэнду мерещится легендарный корабль «Летучий голландец», о котором в романе не сказано ни слова (впоследствии оказывается, что это был корвет, подобравший капитана Гуля, - в отличие от книги, в фильме капитан Гуль остается в живых).
Согласно роману, няня по имени Нэн погибла во время перехода через центр Африки от рук работорговцев; в фильме она остается в живых.
В книге Хозе Антонио Альвец - мулат, в фильме (в исполнении Осипа Абдулова) - белый.
Концовка фильма иная, чем в романе: капитан судна «Пилигрим» вместе со всей своей командой оказывается жив (его подобрал корвет, который Дик Сэнд принял за «Летучего голландца») и помогает Дику Сэнду, тогда как в романе все они погибли во время охоты на полосатика.