Сулейман отклонил просьбу о помиловании. 7 июля Баязид покинул Амасью вместе с четырьмя сыновьями. В середине августа Баязид вынужден был искать убежища при дворе шаха Тахмаспа. Послы султана вели переговоры с Тахмаспом о выдаче или казни Баязида. Тахмасп запросил в обмен на «царственного заложника» земли, ранее захваченные османами в Месопотамии[7]. Сулейман пригрозил войной и в подарок прислал Тахмаспу 400 тысяч золотых. Ещё 100 тысяч прислал Селим[8].
В 1561 году персы выдали Баязида отцу, а его сторонников, находившихся при дворе, убили. 25 сентября 1561 года Баязид был задушен[9]. Помимо него самого были казнены и его пятеро сыновей. Самый младший из них — трёхлетний Мурад, по приказанию Сулеймана, был задушен в Бурсе. Похоронен шехзаде Баязид вместе с тремя сыновьями в Сивасе в тюрбе Мелик-и Аджем[tr]. Самый младший сын Баязида похоронен рядом с шехзаде Мустафой в Бурсе.