Заповедник был учреждён 11 апреля 1919 года решением общественной Учёной комиссии при Астраханском университете. Первым директором заповедника стал учёный-орнитолог Владимир Алексеевич Хлебников. Как природный объект государственного значения утверждён постановлением Совета народных комиссаров РСФСР от 24 ноября 1927 года.Всего в заповеднике обитает 280 видов птиц, из них 72 вида редких птиц, в том числе 40 видов гнездятся, 22 вида встречается во время пролётов и 10 видов относятся к залётным. Здесь останавливаются на пролёте белые журавли — стерхи, — одни из самых редких птиц на планете, гнездятся кудрявые пеликаны, малые бакланы, колпицы, египетские цапли. Все эти виды внесены в Международную Красную книгу. Основу местной орнитофауны составляют водно-болотные птицы, более 30 видов — лесные птицы, и только 3 вида принадлежат к обитателям луговых экосистем и синантропам.