Русская Церковь была уже, начиная с митрополита Ионы (после Флорентийской унии), самостоятельной, хотя митрополиты поставлялись по прежнему в Константинополе до конца XV века. В XVI веке митрополиты возводились на престол по настоянию великих князей, без благословения Константинопольского патриарха. С другой стороны, Русская Церковь помогала бедствующим восточным Церквам и Афону. В 1586 году царь Федор Иоаннович собрал в Москве Собор и было решено просить восточных патриархов о даровании московскому митрополиту титула патриарха. Антиохийский патриарх Иоаким, бывший в то время в Москве для сбора пожертвований, поддержал это ходатайство, а через два года в Москву прибыл Константинопольский патриарх Иеремия. Ему было предложено стать Патриархом Московским и всея Руси, но с условием, что он будет жить во Владимире. Последний не согласился и поставил в патриархи митрополита Иова 25 января 1589 года. В грамоте, подписанной всеми восточными патриархами, присланной в Москву через два года, патриарху Московскому определялось 5-ое место после патриарха Иерусалимского, и Русской Церкви давалось право избрания патриарха Собором русских епископов.
Новгород, одно время почти независимый от Москвы, в церковном отношении был подчинен Московскому патриарху. Судьба новгородской кафедры была трагична. В 1470 году последний архиепископ из новгородцев, Феофил, был заточен, и после него архиепископы присылались из Москвы.