Грамматическая основа предложения состоит из подлежащего и сказуемого. Но предложение не трать время зря односоставное (то есть имеет один главный член – не трать).
Приведём примеры:
Похолодало – грамматическая основа: похолодало.
Не трать их попусту – грамматическая основа: не трать.
----------------------
Предложение: не трать время зря.
Грамматическая основа предложения: не трать.