В США во время гражданской войны пятеро северян бегут из осажденной столицы южан Ричмонд на воздушном шаре. В марте 1865 года страшная буря выбрасывает их на берег необитаемого острова в Южном полушарии. Каждый из новых поселенцев острова обладает незаменимыми талантами, а под руководством инженера Сайреса Смита эти отважные люди сплачиваются и становятся единой командой. Сначала с помощью простейших подручных средств, затем производя на собственных небольших фабриках все более и более сложные предметы труда и обихода, поселенцы обустраивают свою жизнь. Вскоре, благодаря своему трудолюбию и уму, колонисты уже не знают нужды ни в еде, ни в одежде, ни в тепле и уюте.
Однажды, возвращаясь в свое жилище, названное ими Гранитным дворцом, они видят, что внутри хозяйничают обезьяны. Через некоторое время, словно под влиянием безумного страха, обезьяны начинают выпрыгивать из окон, и чья-то рука выбрасывает путешественникам веревочную лестницу, которую обезьяны подняли в дом. Внутри люди находят ещё одну обезьяну — орангутанга, которую оставляют у себя и называют дядюшкой Юпом. В дальнейшем Юп становится людям другом, слугой и незаменимым помощником.
В другой день поселенцы находят на песке ящик с инструментами, огнестрельным оружием, различными приборами, одеждой, кухонной утварью и книгами на английском языке. Поселенцы недоумевают, откуда мог взяться этот ящик. По карте, также оказавшейся в ящике, они обнаруживают, что рядом с их островом, на карте не отмеченном, расположен остров Табор. Моряк Пенкроф загорается желанием отправиться на него. При помощи своих друзей он строит бот. Когда бот готов, все вместе отправляются на нем в пробное плавание вокруг острова. Во время него они находят бутылку с запиской, где говорится, что потерпевший кораблекрушение человек ждет спасения на острове Табор. Пенкроф, Гедеон Спилет и Герберт обнаруживают потерявшего человеческий облик Айртона, который был оставлен на Таборе за попытку поднять бунт на паруснике «Дункан» . Однако хозяин «Дункана» Эдуард Гленарван сказал, что когда-нибудь вернется за Айртоном. Колонисты берут его с собой на остров Линкольна, где, благодаря их заботе и дружбе, его умственное здоровье наконец восстанавливается.
Проходит три года. Поселенцы уже собирают богатые урожаи пшеницы, выращенной из единственного зернышка, три года назад обнаруженного в кармане у Герберта, построили мельницу, разводят домашнюю птицу, полностью обустроили свое жилище, из шерсти муфлонов сделали себе новую теплую одежду и одеяла. Однако мирную жизнь их омрачает одно происшествие, которое грозит им гибелью. Однажды, глядя на море, они видят вдалеке прекрасно оснащенное судно, но над судном реет черный флаг. Судно встает на якорь у берега. Айртон под покровом ночи пробирается на корабль, чтобы произвести разведку. Оказывается, что на корабле находится пятьдесят пиратов (часть из них входила в бывшую шайку Айртона) и дальнобойные пушки. Чудом ускользнув от них, Айртон возвращается на берег и сообщает друзьям, что им необходимо готовиться к битве. Наутро с корабля спускаются две шлюпки. На первой поселенцы подстреливают троих, и она возвращается обратно, вторая же пристает к берегу, а шестеро оставшихся на ней пиратов скрываются в лесу. С судна палят из пушек, и оно ещё ближе подходит к берегу. Кажется, что горстку поселенцев уже ничто не в силах спасти. Внезапно огромная волна вздымается под кораблем, и он тонет. Все находящиеся на нем пираты погибают. Как оказывается впоследствии, корабль подорвался на подводной мине, и это событие окончательно убеждает обитателей острова, что они здесь не одни.