Большинство простейших – одноклеточные или колониальные организмы. Их средние размеры измеряются несколькими десятками микрометров (1 мкм равен 0,001 мм). Самые мелкие простейшие – внутриклеточные паразиты достигают всего 2 – 4 мкм, а длина самых крупных видов, например некоторых грегарин, может достигать 1000 мкм. Ископаемые раковинные корненожки, например, нуммулиты, в диаметре достигали 5–6 см и более.
Форма тела простейших чрезвычайно разнообразна. Среди них имеются виды с непостоянной формой тела, как амёбы. Разнообразны типы симметрии у простейших. Широко распространены формы с радиальной симметрией: радиолярии, солнечники. Это в основном плавающие планктонные простейшие. Двусторонняя симметрия наблюдается у некоторых жгутиковых, фораминифер, радиолярий. Поступательно-вращательная симметрия характерна для фораминифер со спиральнозакрученной раковиной. У некоторых видов наблюдается метамерия – повторяемость структур по продольной оси.
Разнообразны жизненные формы простейших. Наиболее широко распространенными формами являются: амебоидные, которые ведут ползающий образ жизни на различных субстратах в воде или в жидкой среде в теле хозяина; раковинные – малоподвижные бентосные формы; активно плавающие жгутиконосцы и ресничные; парящие в составе планктона радиальные, или лучистые, формы; сидячие – стебельчатые; узкотелые или плоскотелые скважники субстратов, а также округлые неподвижные, покоящиеся формы (цисты, споры).
Простейшие делятся на группы по способам перемещения:
1. Саркожгутиконсцы – способны к передвидению с помощью жгутиков или псевдоподий (ложноножек), иногда оба способа используются совместно. Условно разделяют на две подгруппы – Жгутиковые и Саркодовые.
2. Реснитчатые, с большим количеством ресничек, например, инфузория.
3. Споровики, неподвижные паразиты, форма спор, например, малярийный плазмодий.