"Была когда-то Россия, был снежный уездный городишко, была масленица - и был гимназистик Саша, которого милая, чувствительная тетя Варя, заменившая ему родную мать, называла подснежником".
Здесь повторяется глагол "быть" в прошедшем времени. Он повторяется также и во втором предложении:
"Была оттепель, стояли теплые и сырые дни, русские, уездные, каких было уже много, много в этом старом степном городишке, и приехал к Саше отец из деревни".
Слова "была когда-то Россия" означают, что в рассказе речь идет о том, какой была Россия тогда, когда герой был ещё десятилетним мальчиком, что чувствовал и чем жил он в детские годы.