Точка М и половина диагонали основания образуют прямоугольный треугольник, где гипотенуза - это расстояние от точки М до вершины квадрата, один катет - половина гипотенузы этого же квадрата, второй катет - высота пирамиды..
Тогда высота пирамиды равна √(5² - (6/2)²) = √(25 - 9) = √16 = 4 см.