На этот вопрос мог бы точно ответить только сам автор А. Грин.
Я видела алые паруса в момент захода солнца когда всё вокруг окрашивается в нереальный и фантастически алый цвет,
а белые днём паруса вдруг превращаются в алые паруса романтической надежды. Наверняка и Грин мог видеть это уникальное по своей красоте зрелище. В такой момент, вероятно, у него и родился и замысел произведения и его, вечное теперь, символическое название!