Заготовленные шишки сосны, ели и лиственницы до момента переработки нужно хранить в деревянных амбарах и через каждые 2—3 недели перемешивать, чтобы не портились. Высота слоя шишек не должна быть больше 1 м.
Извлеченные сухие семена выдерживают довольно высокую температуру (70° и более) без понижения всхожести, но семена влажные, находящиеся в шишках, при высоких температурах теряют всхожесть. Особенно опасной для семян является не столько высокая температура, сколько высокая температура, соединенная с большой их влажностью. Поэтому чрезвычайно важно, чтобы сушка шишек в шишкосушилынях сопровождалась хорошей вентиляцией.