Глагол молчать относится ко II спряжению, как это не покажется некоторым странным, но к исключениям он тоже не относится.
Еще со школьной скамьи все привыкли к правилу, в котором говорится, что глаголы, оканчивающиеся на -ать, относятся к I спряжению. Но таким образом мы определяем спряжением у глаголов с безударным личным окончанием.
Попробуем изменить слово молчать. Получаем молчит с окончанием -ит. И ведь никому в голову не придет написать данное слово с окончанием -ет, ведь ударение падает на гласную в окончании, а значит четко слышится, какую букву нужно писать.
Попробуем еще: молчишь, молчите, молчат. Во всех этих глаголах пишутся окончания глаголов II спряжения. И сомнений ведь нет, какое окончание нужно писать.
Так вот в русском языке есть правило, в котором говорится, что в таких случаях (когда личное окончание ударное), спряжение глагола определяется как раз по этому окончанию.