Многовековая территориальная экспансия России превратила её в многонациональную империю, что потребовало введения в стране начал веротерпимости. Ст. 45 «Основных законов» устанавливала, что «Свобода веры присвояется не токмо христианам иностранных исповеданий, но и евреям, магометанам и язычникам (а): да все народы, в России пребывающие, славят Бога всемогущего разными языки по закону и исповеданию праотцев своих, благословляя царствование Российских Монархов, и моля Творца вселенной о умножении благоденствия и укреплении силы Империи». Однако, определённую сложность создавало то, что каждая монотеистическая («авраамическая») религия рассматривала все остальные монотеистические религии, как «ложные». Результатом этого стало традиционно враждебное отношение империи к активному прозелитизму, как потенциально усиливающему межрелигиозную напряжённость, причём особенно враждебным было отношение к выходу из православия.
Одной ступенью ниже РПЦ находились «признанные терпимые» вероисповедания, представленные значительной частью населения империи: католики, протестанты, иудеи и буддисты. Они имели право свободно отправлять культ, вести религиозное обучение, владеть имуществом, причём государство выделяло суммы на содержание христианских священников, в том числе и неправославных (и не выделяло на содержание иудеев и буддистов, которых был обязан содержать приход).[источник не указан 405 дней]
Вслед за признанием ислама «терпимым» Российская империя начало предпринимать попытки интегрировать мусульманское духовенство в государственный аппарат, по образцу РПЦ. Екатерина II принимает решение учредить в 1788 году «Оренбургское магометанское духовное собрание» (ведавшее татарами и башкирами), в дальнейшем после реорганизаций получившие название «Духовное Управление Мусульман» (позднее также появляется Таврическое духовное правление) Таким образом, у мусульман появился свой глава, утверждаемый императором.[65]
Прочие религии находились в ведении департамента духовных дел иностранных исповеданий в составе министерства иностранных дел. Этот департамент ведал римско-католической духовной коллегией из представителей церкви, иудеи ведались через особую раввинскую комиссию с совещательными правами. На иудеев распространялись различные законодательные ограничения (см. статью История евреев в России).
Особенностью имперской религиозной политики было деление различных сект по степени их «вредности». Такая классификация была впервые установлена в 1842 году постановлением Особого временного комитета по делам раскольников по согласованию со Святейшим Синодом, и включала деление на «вреднейшие», «вредные», и «менее вредные».
Ещё одной ступенью ниже находились «терпимые непризнанные» — различные малочисленные сектанты, в первую очередь старообрядцы. В самом низу числились «непризнанные нетерпимые», вроде сект скопцов и хлыстов, которых государство считало вредными, и подвергало преследованиям; в целом подобным преследованиям подвергались: молокане, духоборы, хлысты (объявлены царским правительством «особо вредными»), мормоны, штундисты (запрещены в 1894 году, будучи объявлены «сектою особенно вредною в церковном и общественно-государственном отношениях») адвентисты седьмого дня (легализованы царским правительством в 1906 году), также субботники и прочие иудействующие.[66] Вплоть до 1905 года старообрядцы официально именовались «раскольниками»[67].
«Особо вредными» считались секты духоборов, молокан и скопцов, с 1894 года — штундистов, с 1904 — хлыстов.