1)У хрящевых рыб скелет хрящевой, хорда сохраняется всю жизнь. А у Костных рыб скелет костный или косно-хрящевой. Между позвонками сохраняются остатки хорды.
2) У хрящевых рыб нет жаберных крышек и жаберных дуг. Жаберные лепестки расположены на жаберных перегородках, А у костных рыб есть жаберные крышки и жаберные дуги, на которых расположены пластинчатые жабры.
3) у хрящевых рыб нет плавательного пузыря, а у костных есть.
4) у хрящевых чешуя по строению сходна со строением зуба. имеет мезодермальное происхождение. у костных чешуя костная, плоская, располагается черепицеобразно и имеет эктодермальное происхождение.
5) У хрящевых рыб хвостовой плавник разнолопастной,а у костных с равными лопостями.
6) У хрящевых рот расположен на нижней стороне головы, а у костных рот расположен на передней части головы.
7) У хрящевых рыб оплодотворение наружное или внутреннее. Яйца покрыты роговыми покровами. Некоторые акулы - яйцеживородящие рыбы ( детеныши вылупляются из яиц в яйцеводах). У костных рыб обычно наружное оплодотворение. Яйца без роговых оболочек. У некоторых видов встречается яйцеживорождение.