1. Электронный микроскоп работает на принципе рассеивания потока электронов, световой - преломления и рассеивания света.
2. Электронный микроскоп работает только в вакууме, световой как в воздухе, так и в жидкости и в вакууме.
3. Так как размер электрона намного меньше длины волны света, то разрешающая способность электронного микроскопа на несколько порядков больше чем у светового.
4. Электронный микроскоп значительно больше по размерам, сложнее и дороже светового.