Корень слова – это основная его часть. Действительно, лексема может существовать без приставки, суффикса, иметь нулевую флексию. А вот без корня это будет ничего не значащий набор букв или символов. Приведем пример: в словах "заводь", "водный" есть приставка и суффикс, соответственно. Если мы уберем их, значение «нечто, связанное с водой» останется. А вот если убрать корень -вод-, то они перестанут быть таковыми. Таким образом, мы доказали, что именно корень – носитель основного смысла.