Реформы начались с центрального управления. Собиравшийся по личному усмотрению императрицы Екатерины Совет при высочайшем дворе 30 марта (11 апреля) 1801 года был заменён постоянным учреждением, получившим название «Непременного совета», для рассмотрения и обсуждения государственных дел и постановлений. Он состоял из 12 высших сановников без разделения на департаменты.
По проекту М. М. Сперанского «Введение к уложению государственных законов» с 1 января 1810 года Непременный совет был преобразован в Государственный совет. Он состоял из Общего собрания и четырёх департаментов — законов, военного, гражданских и духовных дел, государственной экономии (позже временно существовал и 5-й — по делам царства Польского). Для организации деятельности Государственного совета была создана Государственная канцелярия, и её государственным секретарём был назначен Сперанский. При Государственном совете учреждались Комиссия составления законов и Комиссия прошений.
Председателем Государственного совета являлся Александр I или один из членов совета по назначению императора. В состав Государственного совета входили все министры, а также лица из высших сановников, назначаемые императором. Государственный совет не издавал законы, а служил совещательным органом при разработке законов. Его задача — централизовать законодательное дело, обеспечить единообразие юридических норм, не допускать противоречий в законах.