Місце народження: село Пустовійтівка Лубенського полку біля міста Ромни (тепер – Сумська область)
Походив з української шляхти. Був військовим осавулом, потім - суддею Війська Запорозького низового, 1762 року обраний кошовим, але того ж року, після зустрічі в Москві з царицею Катериною II, усунутий з посади. У січні 1765 року всупереч царській волі старшина знову обрала Петра Калнишевського кошовим. За доблесть у російсько-турецькій війні 1768 — 1774 pp. Військо Запорозьке дістало подяку від цариці, кошовий отаман був нагороджений кавалером найвищого ордену Російської імперії — ордену Андрія Первозванного, йому було присвоєно військовий чин генерал-лейтенанта. Відстоював права Запоріжжя, задля чого неодноразово їздив з депутаціями до Петербурга. Намагався посилити свою владу і обмежував права старшини та козацької ради. Дбав про поширення хліборобства і торгівлі у запорозьких степах і тим самим перешкоджав планам Росії в колонізації причорноморських степів та посиленні російської присутності в Україні. 4 червня 1775 року 100-тисячне військо під командуванням генерал-поручика Петра Текелі, повертаючись із турецької війни, обступило Січ, скориставшись тим, що Військо Запорозьке ще було на турецькому фронті. Не маючи сил боронитися, Калнишевський змушений був здати фортецю без бою. Разом зі старшиною його було заарештовано i на пропозицiю Потьомкіна довічно заслано до Соловецького монастиря, куди він прибув у кiнцi липня 1776 р. У 1792 р. Петро КАлнишевський переведений в одиночну в'язницю бiля Поварнi. Указом нового Iмператора Росiї Олександра Павловича від 2 квiтня 1801 р. був помилуваний за загальною амнiстією та отримав право на вiльний вибiр мiсця проживання. За свoїми лiтами (йому йшов 111 рiк) і станом здоров'я залишився ченцем у монастирi, де й помер на 113 році життя - 1803 року. Похований Петро Калнишевський на головному подвір'ї Соловецького монастиря перед Преображенським собором.