Левые — Песчаная, Ануй, Чарыш, Алей, Барнаулка, Касмала, Шегарка, Чая, Парабель, Васюган, Большой Юган, Северная Сосьва, Щучья;
правые — Чумыш, Бердь, Иня, Томь, Чулым, Кеть, Тым, Киевский Ёган, Вах, Ватинский Еган, Тромъеган, Пим, Лямин, Казым, Полуй.
Оснавной приток является река Иртыш