В данном произведении фраза "в доме не чисто" прозвучала в переносном смысле.
Это не значит, что в доме разбросаны вещи и посуда не мыта.
Это значит, что в доме присутствуют души умерших людей и герою который произнёс эту фразу не комфортно находится в этом доме, потому что чувствует, что в доме присутствует ещё кто-то помимо живых.