Сходства прежде всего заключаются в том, что это двомембранные полуавтономные органеллы. Почему полуавтономные? Потому что имеют, во-первых собственный белок-синтезирующий аппарат, т.е. кольцевую молекулу ДНК, все виды РНК и рибосомы, на которых осуществляется синтез белка. Во-вторых, они способны к делению пополам. Еще подобным является то, что эти органеллы сами синтезируют энергию в виде молекул АТФ. Конечно, первенство в этой функции предоставляется митохондриям, но и хлоропласты также способны к образованию энергетических молекул в ходе световой реакции фотосинтеза.
Отличие заключается в назначении этих органелл. В хлоропластах происходят процессы фотосинтеза (космическая роль зеленых растений), в митохондриях — клеточное дыхание (третий этап энергетического обмена).