По директиве Северо-Западного фронта от 16 сентября 1-я армия заняла оборону на Немане, а 2-я — на Нареве, то есть там же, где они располагались до начала операции. Общие потери фронта (убитыми, ранеными и пленными) составили более 80 тысяч человек и около 500 орудий. 16 сентября генерал Жилинский был уволен с поста командующего Северо-Западным фронтом, и на его место назначен генерал Н. В. Рузский.
Германские потери составили 3847 убитыми, 6965 пропавшими без вести, 20 376 ранеными, 23 168 больными
Тактический успех Германии в Восточной Пруссии обернулся в связи с провалом операции против Франции поражением стратегическим. Германия была вынуждена вести затяжную войну на два фронта, которую у неё не было шансов выиграть.