Семя голосеменніх состоит из корешка, стебелька, нескольких семядолей (зародышевых листьев) и почечки, окружённых эндоспермом. Внешняя оболочка (кожура семени) формируется из интегумента.
Остальная часть мегастробила преобразуется в крыловидную форму, способствующую распространению семян ветром (анемохория).