Строение эвглены зеленой достаточно простое, напоминает строение всех растительных жгутиковых организмов. В клетке E. viridis находится одно оформленное ядро, окруженное ядерной оболочкой. В цитоплазме находится множество хроматофоров - особых органоидов, содержащих необходимый для осуществления фотосинтеза пигмент хлорофилл и обеспечивающих возможность этого процесса. По ультрамикроскопическому строению хроматофоры напоминают хлоропласты в клетках высших растительных организмов.