После смерти правителя Хорасана Шахруха-мирзы в 1447 году развернулась борьба за власть. В результате государство Хорасан распалось на несколько владений, каждое из которых претендовало на статус независимого государства. В 1469 году на трон Хорасана взошел внук Умаршейха, второго сына Амира Темура, султан Хусейн Байкара. Почти 40 лет правил он государством, в течение которых политическая обстановка в стране хотя и не стабилизировалась полностью, но все же была относительно спокойной. Были достигнуты определенные высоты в развитии быта и хозяйства, в культурной жизни народов Хорасана. Велась огромная работа по благоустройству страны. Важную роль в этих преобразованиях сыграл политический потенциал Хусейна Байкары как правителя. Немаловажное значение имели и усилия визиря Алишера Навои.
В 1506 году умер султан Хусейн Байкара, после чего последовало двоевластие в стране. Двое сыновей, наследников султана (Бадиаззаман и Музаффар Хусейн-мирза), одновременно были объявлены правителями, что послужило причиной полного распада Хорасана, и без того изнуренного междоусобными войнами. Вследствие этого накануне нашествия Шейбанидов государство оказалось в тисках жесточайшего кризиса.
После гибели Мирзо Улугбека в Мавераннахре началась жестокая борьба за власть. Одержал победу в этой борьбе и овладел троном Мавераннахра внук Мираншаха Абу Саид ибн Султан Мухаммад (1451—1469). Он погиб в сражениях в 1469 году, и власть перешла в руки двух его сыновей: султана Ахмада и султана Махмуда. Далее правили его внуки Байсункур-мирза и Султан Али-мирза.