Рельеф Верхоянского района где начинает течь – горно-таежный. В Усть-Янском районе – Яно-Индигирская низменность.
Река течёт по глубокой и широкой долине; от впадения реки Адыча долина становится шире, русло Яны делится на протоки. При пересечении северной окраины хребта Кулар долина реки сужается. В русле реки встречаются пороги. Далее по Яно-Индигирской низменности в сильно петляющем русле, где разбивается на рукава.