Третий сёгунат и политика «изоляции»
После того, как умер Тоётоми Хидэёси, на престол взошел Токугава Иэясу. В 1600 году, при помощи аристократии, он победил в битве при Сэкигахара род Тоётоми и в течение дальнейших 15 лет уничтожил этот род.
В 1603 году император дал Иэясу титул сёгуна и создал новый сёгунат в городе Эдо.
Период существования данного правительства самураев принято называть эпохой Эдо (1603—1867).
Япония 17-19 век
Во время главентсва сёгуната Япония являлась федерацией. Четвертью территории государства владел род сёгунов Токугава, а остальной частью — триста провинциальных владык даймё. Даймё разбивались на классы «родичей», «старинных вассалов» и «новых вассалов», в соответствии со степенью подчиненности сёгуну. Они владели личными независимыми уделами ханы, площадь которых устанавливало столичное руководство. Для предупреждения мятежей правительство урезало политические возможности подданных «Законами военных домов», кроме того уменьшало богатства их владений необходимыми поездками в резиденцию правительства в Эдо. Сёгунат также забрал все земельные наделы дома императора, поручившись содержать их за свои средства.

Иэясу
В первой половине 17 столетия правительство Японии было заинтересовано во взаимодействии с государствами Европы и остановило гонения христиан. Пытаясь развить межгосударственную торговлю и получить от нее большую часть выгоды, сёгунат в 1604 году сделал необходимым лицензирование японских кораблей, отбывавших за рубеж в Юго-Восточную Азию. Вместе с тем, борьба в Японии протестантских Голландии и Англии с одной стороны и католических Португалии и Испании с другой, угрожала втянуть Японию в войну этих стран. Из-за этого Япония начала проводить политику по ограничению связей с Европой и её колониями, позже названную сакоку.
В 1614 году сёгунат наложил запрет на христианство, считая, что это средство зарубежного воздействия. Тысячи японских христиан были подвергнуты гонениям, а отъезд за границу, где была возможность принять крещёние, был невозможным. По этой причине в 1637 году некоторые крестьяне и самураи острова Кюсю, которые исповедовали христианство, устроили мятеж в Симабаре. Сёгунат в течение года усмирил восставших, и в 1639 году, чтобы полностью ликвидировать христианство, издал указ, запрещающий американским и европейским кораблям прибывать в Японию. Поблажки давались Голландии, суда которой, оказавшие помощь в подавлении восстания, получили исключительную возможность торговать на искусственном острове Дэдзима в Нагасаки.

Пытки христиан
С 17 по середину 19 столетия, невзирая на разрыв связи с Европой, Япония сохраняла политические и торговые отношения со своими старыми компаньонами: Кореей, Китаем, Рюкю. Японцы торговали с этими странами на Цусиме, Дэдзиме, Сацуме и южной части Хоккайдо.
Социально-экономическое развитие Японии в 17-19 веках
Японский социум эпохи Эдо был сословным и делился на 4 крупных класса: воинов-самураев, крестьян, торговцев и ремесленников. Государством управляла исключительно самурайская знать. В классовую систему не входили парии, занимавшиеся черным трудом: утилизацией отходов, тюремной службой, уборкой. Главенствующими религиями являлись буддизм и синтоизм. Присутствовал порядок регистрации жителей при буддистских монастырях по району проживания. Христианство не было разрешено, из-за чего его приверженцы пребывали в подполье. Официальной идеологической философией государства являлось неоконфуцианство, которое получило наиболее сильную популярность в период владычества Токугавы Цунаёси и во время деятельности исследователя Араи Хакусэки. Его преподавали в национальной академии, которая была создана Хаяси Радзан. Под воздействием неоконфуцианства был основан кодекс самураев бусидо.