Уже с XIV века, особенно в XV—XVI веках, схоластика приходит в упадок. Дальнейшее изучение естествознания и античной литературы пошло мимо схоластов. Схоластики специализировались окончательно на апологетическо-догматических вопросах богословия и стали тормозом для научного развития, вступая в ожесточенную борьбу с представителями новой, нарождавшейся буржуазной науки в лице гуманистов.