Внутреннее пространство собора умышленно разделено тремя парами
8-гранных колонн на сталактитовых капителях и трёх нефах, продольно
соединенных по средствам стрельчатых арок. В южной стене обустроен
резной символический махраб (молитвенная ниша), направляющаяся в сторону
Мекки. Пол выложен каменными плитами, в то время усланные с помощью
циновок и ковриков. Потолок, вероятней всего, был лакированным.
Внутренний дворик с большим фонтаном в середине и колодцем для забора
воды был вымощен каменными плитами. Расставленные по трем сторонам
крупные глубокие ниши – айваны – предназначались аудиториями для
занятий. В них изучали древний Коран, философию и остальные предметы:
арабский язык, арифметику, риторику, астрономию, законоведение, логику.