Над его светящими стенами,над его высокими башнями пролетало несколько веков. Грамматическая основа- Пролетало( сказуемое)
Пролетало над чем? над башнями, стенами
это обстоятельство или дополнение( можно задать ещё вопрос Где?)
теперь чертим схему [---,--- =].