Конго має досить складний режим. Більшість притоків характеризуються переважанням осіннього стоку: на притоках із водозабором в Північнійпівкулі максимальний підйом водиспостерігається у вересні-листопаді, у Південній — в квітні-травні. В середній та особливо у нижній течії сезонні коливання стоку в значній мірі згладжені через рівномірні поступання в річку вод її приток, оскільки великі частини басейну річки лежать вище і нижче екватора і принаймні в одній частині річки триває сезон дощів[12]. Відтак, з усіх великих річок планети Конґо відрізняється найбільшою природною зарегульованістю.
Максимальні паводки спостерігаються у верхній течії — в листопаді-грудні, у середній та нижній — в травні-червні та у листопаді-грудні.
Пересічні витрати води становлять 46 тис. м³/с, максимальні 75 тис. м³/с, мінімальні 23 тис. м³/с. Середньорічний стік води — 1 450 км³. Величезні маси води, що виносяться до океану, опріснюють його на 75 км від берега. Твердий стік становить приблизно 50 млн. т за рік.