Енрих Третий родился в 1551году, в замке Фонтенбло, 18 сентября в 40 минут после полуночи. При жизни Генрих праздновал свой день рождения 18го сентября. Новый принц получил при рождении титул герцога Ангулемского и имена Александр и Эдуард, которые он мог не сохранять. Родители его, король Генрих II (1519-1559) и Екатерина Медичи (1519-1589), сочетались браком в 1533 г.; первые одиннадцать лет детей у них не было. У Генриха было четыре старших брата и сестры: Франсуа (Франциск II), «маленький дофин», родившийся в 1544 г., официально объявленный дофином (наследником престола) в 1547 ; Елизавета (1545 — 1568), впоследствии супруга Филиппа II Испанского; Клотильда, (1547 — 1575), в 1559 г. вышедшая замуж за Шарля III Лотарингского, и Шарль-Максимилиан (1550—1574), которому ранняя смерть брата-первенца принесла корону, сделав его Карлом IX. Пятый ребенок, Луи, умер в октябре 1550 г. 20 месяцев от роду. Младшими братьями и сестрами Генриха были Маргарита, по прозвищу Марго (1553—1615), за неделю до Варфоломеевской ночи вышедшая замуж за будущего Генриха IV, короля Франции, и Эркюль (1555 — 1585), единственный из четырех братьев, так и не ставший королем. Длинный ряд рождений в 1556 г. завершился двойней — родились сестры Жанна и Виктория, вскоре после этого умершие. Высокая детская смертность, характерная для той эпохи, не обошла и королевскую семью; все же благодаря лучшему медицинскому обслуживанию и благоприятным условиям жизни для нее это не имело таких катастрофических последствий, как для низших слоев населения.
Из шести выживших в детстве братьев и сестер пятеро умерли раньше Генриха. Лишь Маргарита пережила его и достигла 62-летнего возраста. Она и Генрих, единственные из десяти детей, оставались в живых ко дню смерти их матери — 5.01.1589 г. Все представители последнего поколения Валуа отличались слабым сложением и болезненностью; их страшным бичом был туберкулез, против которого тогдашняя медицина не знала средств. Во время конфирмации 18.03.1565 г. Александр-Эдуард получил в честь отца имя Генрих. Его младший брат Эркюль (Геркулес), чьи «физические и интеллектуальные уродства» (Холт) совершенно не соответствовали его имени, спустя год получил таким же образом имя деда, Франсуа (Франциск ). С февраля 1566 г. он носил титул герцога Алансонского; Генрих в дальнейшем фигурирует как герцог Анжуйский. Сначала его как старшего из братьев правящего короля называли Monseigneur, затем Monsieur — прежде это были официальные обозначения старших из братьев правящего короля. В исторической литературе обоих братьев - Генриха и Франсуа — с 1566 г. именуют коротко «Анжу» и «Алансон». Когда Генрих стал королем, титулы Monsieur (1574), герцог Анжуйский (1576) перешли к Франсуа, прежде бывшему Алансоном.
Александр-Эдуард/Генрих был жизнерадостным, дружелюбным и смышленым ребенком, в отличие от своих почти постоянно хворавших братьев и сестер хорошо развитый физически. В юности он много читал и охотно беседовал о прочитанном, учился прилежно и старательно, умел хорошо выражать свои мысли, успешно изучал итальянский язык, недурно танцевал и фехтовал и умел очаровать своим обаянием и элегантностью. Генрих получил хорошее образование, его учителями были самые достойные люди того времени. Превосходным ли обучением, врожденными ли качествами молодого принца или умением секретаря стоит объяснить всю зрелость первого его письма, дошедшего до нас? Это к своему брату, дофину Франциску, Александр-Эдуард обращается в 1557 году ( когда Франциск почувствовал первые признаки болезни, унесшей его в 1560 году) с такими словами:
«Монсеньор, я очень опечален Вашей долгой болезнью. Мне хотелось бы иметь в себе что-то такое, что понравилось бы Вам, и проводить все время рядом с Вами. Монсеньор, я старательно учусь и делаю это для того, чтобы , когда я вырасту, быть Вам полезным. Молю Господа, чтобы Вы скорее выздоравливали. Ваш скромный и покорный брат, Александр Французский…»
Будущему Генриху Третьему было всего 6 лет. Отец Генриха, Генрих II погиб на одном из турниров в результате несчастного случая- копье капитана гвардии короля, сеньора Монтгомери, попало Генриху II в левый глаз. Генрих Второй перенес жестокие муки и умер 10 июля 1559 года. Этот жестокий удар судьбы сделал его жену, Екатерину Медичи, первым лицом в государстве. Согласно древнему обычаю, королевы-вдовы одевались в белое, однако Екатерина носила черное траурное платье. Символом ее траура стало разбитое копье в обрамлении слов «Hinc dolor, hinc lacrymae» ( «Отсюда моя печаль и мои слезы). На всю жизнь она сохранила любовь к своему супругу. Екатерина Медичи, все время жившая в тени своего мужа, теперь стала настоящей государственной дамой, и воспитание детей стало ее первостепенной задачей. Екатерина обладала прекрасным здоровьем, не шла на поводу у обычаев , имела активную , полную трудов и развлечений жизнь.