Традиционной является датировка храма по Николаю Воронину — 1165 год, основанная на сообщении Жития Андрея Боголюбского, что церковь Покрова на Нерли была построена в память о погибшем сыне великого князя Изяславе Андреевиче[1]. Современные исследователи Сергей Заграевский[2] и Татьяна Тимофеева[3] на основании летописной информации обосновывают более раннюю дату храма — 1158 год.
Согласно Лаврентьевской летописи, строительство при князе Андрее вели «из всех земель мастеры». Василий Татищевуточняет в «Истории Российской», что «мастеры же присланы были от императора Фридерика Первого, с которым Андрей в дружбе был…» (имеется в виду Фридрих Барбаросса).
Церковь освящена в честь праздника Покрова Богородицы. Однако источники, говорящие об установлении этого праздника на Руси в середине XII века по инициативе Андрея Боголюбского, отсутствуют[4], а в домонгольских летописях о церкви говорится как о посвящённой не какому-то конкретному празднику, а Богородице[5]. Следовательно, этот праздник мог быть установлен и позднее (первые упоминания о нём относятся к XIII веку[4]), и в этом случае церковь первоначально могла иметь какое-либо иное посвящение.
По легенде, содержавшейся в Житии Андрея Боголюбского, белый камень для постройки церкви был вывезен из покорённого Андреем Боголюбским Булгарского царства. Однако эта легенда опровергается как историческими фактами, так и результатами петрографических анализов белого камня, использованного для строительства церкви[6].
Первоначально церковь Покрова была собором небольшого, но имевшего белокаменные укрепления монастыря, располагавшегося на стрелке Клязьмы и Нерли[7]. Этот монастырь в конце XVI века упоминался среди патриарших домовых монастырей, во второй половине XVII века имело место его кратковременное процветание, в 1764 году он был упразднён. В 1784 году из-за низкой доходности Покровской церкви игумен Боголюбова монастыря (к которому она была приписана) пытался разобрать храм на строительный материал для возведения монастырской колокольни, однако недостаток средств не позволил начать работы[8].